Die Mongolei verhängt und vollstreckt weiterhin die Todesstrafe. Exekutionen fanden im Geheimen statt, und es gab keine amtlichen statistischen Angaben über die Anwendung der Todesstrafe. Nach vorliegenden Meldungen kam es vor, dass Gefangene im Todestrakt länger als 24 Monate ständig Hand- und Fußfesseln tragen mussten.
Die Haftbedingungen in Polizeistationen und Gefängnissen gelten als grausam und unmenschlich. Die Zellen sind überbelegt und der Zugang zu medizinischer Versorgung und sanitären Einrichtungen unzureichend.
Das Strafgesetzbuch kennt keine Definition für Folter, obwohl dies gemäß der UN-Konvention gegen Folter vorgeschrieben ist. Im Juni 2005 besuchte der UN-Sonderberichterstatter für Folter das Land und kritisierte die Straflosigkeit für diejenigen, die für Folter und Misshandlungen verantwortlich sind.
Das Recht auf freie Meinungsäußerung unterlag nach wie vor massiven Einschränkungen. 2007 wurden über 40 Journalisten von den Behörden bedroht, angegriffen, drangsaliert, oder es liefen Ermittlungen gegen sie. Die einheimischen Medien unterstanden staatlicher Kontrolle und mussten mit Drohungen oder Repressalien rechnen, wenn sie Kritik an den Behörden übten. Bei Demonstrationen wurden Berichten zufolge zehn Journalisten festgenommen und ihre Kameras und andere Ausrüstung zerstört. Nachdem Anfang Juli 2008 bei Demonstrationen gegen die Regierung, der die Organisation von Wahlbetrug vorgeworfen wurde, fünf Personen ums Leben gekommen waren, wurden zehn Polizeibeamte verhaftet und angeklagt. Da sich alle Verhafteten inzwischen gegen Kaution auf freiem Fuß befinden, befürchtet Amnesty International, dass das Verfahren bald eingestellt werden könnte, und fordert von der mongolischen Regierung eine unparteiische Untersuchung der Vorfälle.